例としてbetterMCのmodパックの入れ方を解説します。
BetterMC以外のmodパックをいれる際、事前にマインクラフサーバーと同じバージョンのmodパックをダウンロードしてください。
modパックをダウンロードする際、マインクラフトクライアント側のmodパックをダウンロードするのではなくサーバー用のmodパックをダウンロードしてください。

コントロールパネルにログインし、ファイルに移動してください。
ファイルの画面でmodパックをzipの状態でアップロードしてください。
*アップロード制限があり、100MBまでアップロード可能ですがそれ以上の容量はSFTPでアップロードする必要があります。
100MB以下のmodpackの場合アップロードし、右の点をクリックし、解凍してください。
解凍が終わり次第サーバーを起動していただき、適応されていることを確認してください。

100MB以上のmodパックの場合

主にmodファイルが容量が高いのでそちらを先にアップロードします。
modパック内のmodフォルダーにある、jarファイルを全選択し、コントロールパネルのmodフォルダーの中にドラッグ・アンド・ドロップします。
一つのjarファイルが100MBではない限りアップロードが終わります。
アップロードが終わりましたらお手持ちの端末のファイルエクスプローラーに戻り、
config,defaultconfigs,modernfixフォルダー、manifest.json、server.propertiesを残しその他のフォルダー、ファイルを削除した後それらをzipファイルに圧縮します。
圧縮したファイルを100MBを超えていないことを確認してください。

こちらをmodフォルダー前の

containerディレクトリに入り、圧縮したzipフォルダーをアップロードし解凍してください。
解凍が終わり次第起動していただき動作チェックをしてください。