こちらではVNCを使用したキーボードレイアウトの変更方法を解説します。
複数の方法がありますがこちらで検証したものを解説します。

※Ubuntuを利用しています

ログインし以下のコマンドを入力してください。

sudo apt update
sudo apt upgrade

入力が終わりましたら左の＜からボードマークをクリックし、以下のコマンドを一つずつ入力し、ペーストを行い実行してください。
ペースとしている途中で文字が適切に入力されない場合がありますので、その部分だけご自身で手直しをお願いします。
例 :が*なります

wget https://mirrors.edge.kernel.org/pub/linux/utils/kbd/kbd-2.6.4.tar.xz
tar Jxvf kbd-2.6.4.tar.xz
sudo mkdir /usr/share/keymaps
sudo cp -Rp kbd-2.6.4/data/keymaps/* /usr/share/keymaps/
localectl set-keymap jp106

一つずつ入力しなかった場合、このように文字列が続きます。
これだとエラーが起きますので必ず一つずつ入力してください。

入力が終わりましたら再起動しますと日本語入力に切り替わります。